6 августа 1793 г. заложен первый камень фундамента будущего собора Святых Апостолов Петра и Павла. Был возведён прибывшим из Ревеля архитектром И. Брокманом и русским архитектором Ю. М. Фельтеном.
Немецкая лютеранская община существовала в Выборге еще с XVI века, и в 1783 году губернатор Энгельгардт начал сбор пожертвований на постройку храма. Церковь была заложена в 1793 году. Освящение церкви состоялось 29 июня 1799 года.
С 1991 года здание занимает евангелическо-лютеранская община Выборга. В соборе имеется небольшой орган, действует воскресная школа для детей, проходят органные и хоровые концерты. Богослужения ведутся на русском языке с переводом на финский.