13-я ВОЗДУШНАЯ АРМИЯ сформирована 25 ноября 1942 г. на основании приказа НКО СССР от 10 ноября 1942 г. на базе управления и частей ВВС Ленинградского фронта в составе 275-й истребительной, 276-й бомбардировочной и 277-й штурмовой авиадивизий.
В январе 1943 г. поддерживала наступление 67-й армии фронта в операции по прорыву блокады Ленинграда. В феврале обеспечивала наступательные действия войск фронта на красноборском, а в июле и августе — на мгинском направлениях. Важную роль армия сыграла в начале 1944 г. в операциях по полному снятию блокады Ленинграда. В июне в ходе Выборгской операции (10-20 июня) основные усилия армии были сосредоточены на поддержке соединений и частей, наносивших главный удар на Карельском перешейке при прорыве мощной обороны противника: разрушении долговременных оборонительных сооружений и уничтожении его резервов.
В июле 1944 г. армия участвовала в Нарвской (24-30 июля), в сентябре — в Таллинской (17-26 сентября) наступательных операциях.
В сентябре — ноябре 1944 г. армия вела активные боевые действия за освобождение Моонзундского архипелага. В ходе этих боевых действий началась передача бомбардировочной и штурмовой авиации армии в состав 1-й воздушной армии, поддерживавшей войска 3-го Белорусского фронта в Восточно-Прусской стратегической операции (13 января — 25 апреля 1945 г.).
Боевой путь армия завершила участием в Моонзундской десантной операции (27 сентября — 24 ноября).
За годы Великой Отечественной войны летчики армии совершили около 120 тыс. самолето-вылетов.
За боевые отличия тысячи воинов награждены орденами и медалями, 151 летчик и штурман стали Героями Советского Союза, а П. А. Покрышеву это звание было присвоено дважды.
Командующий армией — генерал-лейтенант авиации, с ноября 1944 г. — генерал-полковник авиации Рыбальченко С. Д. (ноябрь 1942 г. — ноябрь 1944 г.)
Начальники штаба армии: полковник, с февраля 1944 г. — генерал-майор авиации Алексеев А. Н. (июнь 1942 г. — июль 1944 г.); генерал-майор авиации Лаврик С. А. (июль 1944 г. — март 1945 г.)