Участник советско-финской, где особенно проявились его способности командира. В этой войне Степан Иванович командовал 136-й стрелковой дивизией. С 23 декабря 1939 года велись ожесточенные бои на участке Муола — Ильвес.
Укрепленный район, который должна была прорвать дивизия, являлся одним из важнейших узлов обороны «линии Маннергейма». Пользуясь данными разведки, комбриг С.И.Черняк, смог правильно оценить ситуацию и организовать наступление дивизии на вражеские укрепления. Захватывая дот за дотом, дивизия продвигалась вперед, в глубину укрепленного района. Утром 28 февраля она заняла последний оплот сопротивления противника на этом участке — Ильвес. Таким образом, один из мощных узлов обороны Карельского перешейка был разгромлен. В этом районе дивизия захватила и уничтожила в общей сложности 27 железобетонных огневых точек и 20 каменных и деревоземляных сооружений.
За боевые действия на Карельском перешейке дивизия была награждена орденом Ленина, двенадцать бойцов и командиров были удостоены звания Героя Советского Союза. В их числе был и командир дивизии Степан Иванович Черняк. Он стал первым из борисовчан, кто получил Золотую Звезду. В том же 1940 году С.И. Черняку было присвоено звание генерал-лейтенанта, минуя звание генерал-майора.